曲阜师范大学自动化研究所成立于1986年。自动化研究所现拥有控制科学与工程博士后科研流动站，控制科学与工程一级学科博士点，控制科学与工程、运筹学与控制论学术硕士学位授权点。

自动化研究所2018年获批控制科学与工程博士学位授权一级学科点，2019年获批控制科学与工程博士后科研流动站。运筹学与控制论为十五、十一五、十二五山东省重点学科，工程学入选十三五山东省一流学科，智能控制技术实验室入选十三五山东省高等学校重点实验室，智能控制技术实验室入选十四五山东省重点实验室，复杂系统先进控制理论与应用实验室入选十四五山东省高等学校重点实验室，康复与护理智能机器人协同创新中心入选山东省高等学校对接产业类协同创新中心。

自动化研究所现有教职工9人，其中博士生导师5人，硕士生导师7人。国务院政府特殊津贴专家1人，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1人，山东省泰山学者5人，山东省有突出贡献的中青年专家1人，山东省杰出青年基金获得者1人，山东省高等学校青创科技创新团队3个，山东省青年科技人才托举工程1人。

近年来，自动化研究所在控制理论与应用研究方面取得了一系列成果。在国际权威期刊发表论文300余篇，其中国际顶级期刊IEEE Transactions on Automatic Control和Automatica 50篇，研究工作得到国际著名学者的较高评价和广泛引用。首位获得教育部高等学校科学研究优秀成果奖(自然科学奖)二等奖1项，山东省自然科学奖二等奖3项。承担国家重点研发计划项目、国家自然科学基金项目及省部级项目60余项。在学术任职方面，担任《Automatica》、《SCIENCE CHINA Information Sciences》、《中国科学：信息科学》等国际权威期刊编委。

在人才培养方面，多人获得山东省优秀研究生指导教师，山东省优秀博士学位论文指导教师，山东省优秀硕士学位论文指导教师，山东省研究生创新成果奖指导教师等。近五年来，自动化研究所培养的博士、硕士毕业生就业率100%，考博率50%，工作去向包括大中专、中小学教师，国家电网等企事业单位。